О различии видов тростника (Phragmites, Poaceae) по молекулярнофилогенетическим данным
УДК 575.17:582.52
Ключевые слова:
Гибридизация, злаки, молекулярная филогения, ITS, NGS, Phragmites, trnL–trnF
Аннотация
Проведен молекулярно-филогенетический анализ маркерных последовательностей – районовITS1-5.8S рДНК-ITS2 и trnL–trnF у тростника обыкновенного (Phragmites australis), тростника высочайшего(P. altissimus), некоторых предполагаемых гибридов между этими видами, а также образца P. australis s. l. из Тувы.Последовательности ITS1 тувинского образца исследованы методом секвенирования нового поколения (NGS),выявляющим внутригеномное разнообразие ITS-последовательностей у аллополиплоидного вида. Мы показали,что последовательности района ITS1-5.8S рДНК-ITS2 P. australis и P. altissimus различаются большим числом однонуклеотидных замен и делеций, в том числе делецией длиной 12 п.н. Образец P. australis s. l. из Тувы (р. Хемчик) демонстрирует обособленное положение на филогенетическом древе. По хлоропластным последовательностям trnL–trnF все изученные нами виды тростника не имеют значимых отличий между собой.
Скачивания
Данные скачивания пока недоступны.
Metrics
Загрузка метрик ...
Литература
Виноградова Ю. К., Акатова Т. В., Аненхонов О. А., Анкипович Е. С., Антипова Е. М., Антонова Л. А., Афанасьев В. Е., Багрикова Н. А., Баранова О. Г., Борисова Е. А., Борисова М. А., Бочкин В. Д., Буланый Ю. И., Верхозина А. В., Григорьевская А. Я., Ефремов А. Н., Зыкова Е. Ю., Кравченко А. В., Крылов А. В., Куприянов
А. Н., Лавриненко Ю. В., Лактионов А. П., Лысенко Д. С., Майоров С. Р., Меньшакова М. Ю., Мещерякова Н. О., Мининзон И. Л., Михайлова С. И., Морозова О. В., Нотов А. А., Панасенко Н. Н., Пликина Н. В., Пузырёв А. Н., Раков Н. С., Решетникова Н. М., Рябовол С. В., Сагалаев В. А., Силаева Т. Б., Силантьева М. М., Стародубцева Е. А., Степанов Н. В., Стрельникова Т. О., Терёхина Т. А., Тремасова Н. А., Третьякова А. C., Хорун Л. В., Чернова О. Д., Шауло Д. Н., Эбель А. Л. Black-лист» инвазионных растений России // Проблемы промышленной ботаники индустриально развитых регионов. Материалы IV Междунар. конф. и отчётного заседания Рабочей группы Проекта ПРООН-ГЭФ. – Кемерово, Кузбасский бот. сад, 2015. – С. 68–72.
Капитонова О. А. Новая находка Phragmites altissimus (Poaceae) в западной Сибири // Вестник Курганского государственного университета, 2016. – № 4. – С. 21–23.
Капитонова О. А. Находка Тростника высочайшего (Phragmites altissimus, Poaceae) на севере Тюменской области / /Зыряновские чтения, 2017. – С. 207–208.
Капитонова О. А., Дюкина А. Р. О новой находке Тростника высочайшего (Phragmites altissimus) в Удмуртии // Вестник Удмуртского университета. Серия Биология. Науки о Земле, 2005. – № 10. – С. 126–128.
Конечная Г. Ю., Ефимов П. Г., Цвелёв Н. Н., Смагин В. А., Крупкина Л. И. Новые находки редких видов сосудистых растений на северо-западе Европейской России // Бюл. МОИП. Отд. биол., 2012. – Т. 117, Вып. 3. – С. 64–70.
Лавренко, Е. М., Комаров В. Л. Род Тростник – Phragmites Adans. // Флора СССР. – Л.: Изд–во АН СССР, 1934. – Т. 2. – С. 303–306.
Николин Е. Г. Инвазия Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud.(Poaceae) в Северо-Восточную Якутию // Природные ресурсы Арктики и Субарктики, 2016. – № 2. – С. 115–117.
Нотов А. А. Адвентивный компонент флоры Тверской области: динамика состава и структуры. – Тверь: Твер. Гос. ун–т, 2009. – 473 с.
Папченков В. Г. О распространении Phragmites altissimus (Benth.) Nabille (Poaceae) // Российский Журнал Биологических Инвазий, 2008. – № 1. – С. 36–41.
Пунина Е. О., Мачс Э. М., Крапивская Е. Е., Ким Е. С., Мордак Е. В., Мякошина Ю. А., Родионов А. В. Межвидовая гибридизация в роде Paeonia (Paeoniaceae): полиморфные сайты в транскрибируемых спейсерах генов 45S рРНК как индикаторы происхождения природных и искусственных гибридов пионов // Генетика, 2012. – Т. 48, № 7. – С. 812–826.
Цвелёв Н. Н. Злаки СССР. – М.: Наука, 1976. – 788 с.
Цвелёв Н. Н. Определитель сосудистых растений Северо-Западной России (Ленинградская, Псковская и Новгородская области). – СПб.: Изд-во СПХФА, 2000. – 781 с.
Цвелёв Н. Н. О родах тростник (Phragmites Adams.) и змеёвка (Cleistogenes Keng) семейства злаков (Poaceae) в России // Нов. сист. высш. раст., 2012. – Т. 43. – C. 30–44.
Цвелёв Н. Н., Носкова М. Г. Флористические находки на острове Нерва и других островах восточной части Финского залива // Бот. журн., 1996. – Т. 81, № 4. – С. 97–103.
Цвелёв Н. Н., Пробатова Н. С. Злаки России. – М.: Товарищество научных изданий КМК, 2019. – 646 с.
Шнеер В. С. ДНК штрихкодирование – новое направление в сравнительной геномике растений // Генетика, 2009. – Т. 54, № 11. – С. 1436–1448.
Clayton W. D., Renvoize S. A. Genera Graminum. Grasses of the world // Kew Bull. Additional Series, 1986. – Vol. 13. – Pp. 1–389.
Clevering O. A., Lissner J. Taxonomy, chromosome numbers, clonal diversity and population dynamics of Phragmites australis // Aquatic Botany, 1999. – Vol. 64, № 3–4. – Pp. 185–208.
Hollingsworth P. M., Graham S. W., Little D. P. Choosing and using a plant DNA barcode // PLoS One, 2011. – Vol. 6. – Iss. 5. DOI: 10.1371/journal.pone.0019254
Huelsenbeck J. P., Ronquist F. MRBAYES: Bayesian inference of phylogeny // Bioinformatics, 2001. – Vol. 17. – Pp. 754–755. DOI: 10.1093/bioinformatics/17.8.754
Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for Bigger Datasets // Molecular Biology and Evolution, 2016. – Vol. 33, № 7. – Pp. 1870–1874. DOI: 10.1093/molbev/msw054
The Plant List (TPL) URL: http://www.theplantlist.org/1.1/browse/A/Poaceae/Phragmites (Accessed 10 April 2020).
А. Н., Лавриненко Ю. В., Лактионов А. П., Лысенко Д. С., Майоров С. Р., Меньшакова М. Ю., Мещерякова Н. О., Мининзон И. Л., Михайлова С. И., Морозова О. В., Нотов А. А., Панасенко Н. Н., Пликина Н. В., Пузырёв А. Н., Раков Н. С., Решетникова Н. М., Рябовол С. В., Сагалаев В. А., Силаева Т. Б., Силантьева М. М., Стародубцева Е. А., Степанов Н. В., Стрельникова Т. О., Терёхина Т. А., Тремасова Н. А., Третьякова А. C., Хорун Л. В., Чернова О. Д., Шауло Д. Н., Эбель А. Л. Black-лист» инвазионных растений России // Проблемы промышленной ботаники индустриально развитых регионов. Материалы IV Междунар. конф. и отчётного заседания Рабочей группы Проекта ПРООН-ГЭФ. – Кемерово, Кузбасский бот. сад, 2015. – С. 68–72.
Капитонова О. А. Новая находка Phragmites altissimus (Poaceae) в западной Сибири // Вестник Курганского государственного университета, 2016. – № 4. – С. 21–23.
Капитонова О. А. Находка Тростника высочайшего (Phragmites altissimus, Poaceae) на севере Тюменской области / /Зыряновские чтения, 2017. – С. 207–208.
Капитонова О. А., Дюкина А. Р. О новой находке Тростника высочайшего (Phragmites altissimus) в Удмуртии // Вестник Удмуртского университета. Серия Биология. Науки о Земле, 2005. – № 10. – С. 126–128.
Конечная Г. Ю., Ефимов П. Г., Цвелёв Н. Н., Смагин В. А., Крупкина Л. И. Новые находки редких видов сосудистых растений на северо-западе Европейской России // Бюл. МОИП. Отд. биол., 2012. – Т. 117, Вып. 3. – С. 64–70.
Лавренко, Е. М., Комаров В. Л. Род Тростник – Phragmites Adans. // Флора СССР. – Л.: Изд–во АН СССР, 1934. – Т. 2. – С. 303–306.
Николин Е. Г. Инвазия Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud.(Poaceae) в Северо-Восточную Якутию // Природные ресурсы Арктики и Субарктики, 2016. – № 2. – С. 115–117.
Нотов А. А. Адвентивный компонент флоры Тверской области: динамика состава и структуры. – Тверь: Твер. Гос. ун–т, 2009. – 473 с.
Папченков В. Г. О распространении Phragmites altissimus (Benth.) Nabille (Poaceae) // Российский Журнал Биологических Инвазий, 2008. – № 1. – С. 36–41.
Пунина Е. О., Мачс Э. М., Крапивская Е. Е., Ким Е. С., Мордак Е. В., Мякошина Ю. А., Родионов А. В. Межвидовая гибридизация в роде Paeonia (Paeoniaceae): полиморфные сайты в транскрибируемых спейсерах генов 45S рРНК как индикаторы происхождения природных и искусственных гибридов пионов // Генетика, 2012. – Т. 48, № 7. – С. 812–826.
Цвелёв Н. Н. Злаки СССР. – М.: Наука, 1976. – 788 с.
Цвелёв Н. Н. Определитель сосудистых растений Северо-Западной России (Ленинградская, Псковская и Новгородская области). – СПб.: Изд-во СПХФА, 2000. – 781 с.
Цвелёв Н. Н. О родах тростник (Phragmites Adams.) и змеёвка (Cleistogenes Keng) семейства злаков (Poaceae) в России // Нов. сист. высш. раст., 2012. – Т. 43. – C. 30–44.
Цвелёв Н. Н., Носкова М. Г. Флористические находки на острове Нерва и других островах восточной части Финского залива // Бот. журн., 1996. – Т. 81, № 4. – С. 97–103.
Цвелёв Н. Н., Пробатова Н. С. Злаки России. – М.: Товарищество научных изданий КМК, 2019. – 646 с.
Шнеер В. С. ДНК штрихкодирование – новое направление в сравнительной геномике растений // Генетика, 2009. – Т. 54, № 11. – С. 1436–1448.
Clayton W. D., Renvoize S. A. Genera Graminum. Grasses of the world // Kew Bull. Additional Series, 1986. – Vol. 13. – Pp. 1–389.
Clevering O. A., Lissner J. Taxonomy, chromosome numbers, clonal diversity and population dynamics of Phragmites australis // Aquatic Botany, 1999. – Vol. 64, № 3–4. – Pp. 185–208.
Hollingsworth P. M., Graham S. W., Little D. P. Choosing and using a plant DNA barcode // PLoS One, 2011. – Vol. 6. – Iss. 5. DOI: 10.1371/journal.pone.0019254
Huelsenbeck J. P., Ronquist F. MRBAYES: Bayesian inference of phylogeny // Bioinformatics, 2001. – Vol. 17. – Pp. 754–755. DOI: 10.1093/bioinformatics/17.8.754
Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for Bigger Datasets // Molecular Biology and Evolution, 2016. – Vol. 33, № 7. – Pp. 1870–1874. DOI: 10.1093/molbev/msw054
The Plant List (TPL) URL: http://www.theplantlist.org/1.1/browse/A/Poaceae/Phragmites (Accessed 10 April 2020).
Опубликован
2020-06-01
Как цитировать
Носов Н. Н., Гнутиков А. А., Пунина Е. О., Мачс Э. М., Конечная Г. Ю., Родионов А. В. О различии видов тростника (Phragmites, Poaceae) по молекулярнофилогенетическим данным // Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии, 2020. Т. 19, № 1. С. 8-13 DOI: 10.14258/pbssm.2020002. URL: http://journal.asu.ru/bpssm/article/view/pbssm.2020002.
Раздел
Молекулярно-генетические методы в исследовании растений и хемосистематика
