Молекулярно-филогенетическое исследование редких сорно-полевых видов рода Avena L.
УДК 575.17:582.52
Ключевые слова:
Овес, филогения, ITS, NGS, Poaceae
Аннотация
Проведено молекулярно-филогенетическое исследование сорно-полевых видов рода Avena L. с использованием маркерных последовательностей ITS1–гена 5.8S рРНК–ITS2. Кроме того, было проведено секвенирование нового поколения (NGS) на платформе Illumina последовательности ITS1 и начала гена 5.8S рРНК. Результаты секвенирования по Сэнгеру выявили отдельную кладу видов с хорошим уровнем поддержки и малымуровнем различия между собой. По данным NGS-секвенирования, были выявлены два наиболее массовых по количеству последовательностей риботипа. Среди общих последовательностей гексаплоидов не обнаружены относящиеся к С-геному. Для A. persica и A. georgica показано наличие уникальных риботипов.
Скачивания
Данные скачивания пока недоступны.
Metrics
Загрузка метрик ...
Литература
Лоскутов И. Г. Овес (Avena L.). Распространение, систематика, эволюция и селекционная ценность. – СПб.: ГНЦ РФ ВИР, 2007. – 336 с.
Badaeva E. D., Shelukhina O. Yu., Goryunova S. V., Loskutov I. G., Pukhalsky V. A. Phylogenetic Relationships of Tetraploid AB-Genome Avena Species Evaluated by Means of Cytogenetic (C-Banding and FISH) and RAPD Analyses // Journal of Botany, 2010. – Vol. 2010. – Article ID 742307. – 13 pp. DOI:10.1155/2010/742307
Baum B. R. Oats: wild and cultivated. A monograph of the genus Avena L. (Poaceae). – Canada, 1977. – 463 pp.
Clement M., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. – Vol. 9, № 10. – P. 1657–1660. DOI:10.1046/j.1365-294x.2000.01020
Doyle J. J., Doyle J. L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue // PhytochemicalBulletin, 1987. – Vol. 19. – P. 11–15.
Ladizinsky G. Studies in Oats Evolution. – Heidelberg e.a.: Springer, 2012. – 87 pp.
Loskutov I. G., Rines H. W. Avena L. In: Kole C. (ed) Wild crop relatives: genomic and breeding resources. –Heidelberg: Springer, 2011. – P. 109–184.
Múrias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. TCS BU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. – Vol. 32, № 4. – P. 627–628. DOI:10.1093/bioinformatics/btv636
Ridgway K. P., Duck J. M., Young J. P. W. Identification of roots from grass swards using PCR-RFLP and FFLP of the plastid trnL (UAA) intron // BMC Ecology, 2003. – Vol. 3, (8е).
White T. J., Bruns T., Lee S., Taylor J. W. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR protocols: a guide to methods and application. / Innis M. A., Gelfand D. H., Sninsky J. J., White T. J.(Eds) – New York: Academic Press, Inc., 1990. – P. 315–322.
Badaeva E. D., Shelukhina O. Yu., Goryunova S. V., Loskutov I. G., Pukhalsky V. A. Phylogenetic Relationships of Tetraploid AB-Genome Avena Species Evaluated by Means of Cytogenetic (C-Banding and FISH) and RAPD Analyses // Journal of Botany, 2010. – Vol. 2010. – Article ID 742307. – 13 pp. DOI:10.1155/2010/742307
Baum B. R. Oats: wild and cultivated. A monograph of the genus Avena L. (Poaceae). – Canada, 1977. – 463 pp.
Clement M., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. – Vol. 9, № 10. – P. 1657–1660. DOI:10.1046/j.1365-294x.2000.01020
Doyle J. J., Doyle J. L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue // PhytochemicalBulletin, 1987. – Vol. 19. – P. 11–15.
Ladizinsky G. Studies in Oats Evolution. – Heidelberg e.a.: Springer, 2012. – 87 pp.
Loskutov I. G., Rines H. W. Avena L. In: Kole C. (ed) Wild crop relatives: genomic and breeding resources. –Heidelberg: Springer, 2011. – P. 109–184.
Múrias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. TCS BU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. – Vol. 32, № 4. – P. 627–628. DOI:10.1093/bioinformatics/btv636
Ridgway K. P., Duck J. M., Young J. P. W. Identification of roots from grass swards using PCR-RFLP and FFLP of the plastid trnL (UAA) intron // BMC Ecology, 2003. – Vol. 3, (8е).
White T. J., Bruns T., Lee S., Taylor J. W. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR protocols: a guide to methods and application. / Innis M. A., Gelfand D. H., Sninsky J. J., White T. J.(Eds) – New York: Academic Press, Inc., 1990. – P. 315–322.
Опубликован
2021-09-14
Как цитировать
Гнутиков А. А., Носов Н. Н., Лоскутов И. Г., Блинова Е. В., Родионов А. В. Молекулярно-филогенетическое исследование редких сорно-полевых видов рода Avena L. // Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии, 2021. Т. 20, № 1. С. 108-111 DOI: 10.14258/pbssm.2021022. URL: http://journal.asu.ru/bpssm/article/view/pbssm.2021022.
Раздел
Статьи
