Применимость анализа компенсаторных замен во вторичной структуре ITS2 для идентификации видов зеленых микроводорослей
УДК 577.21:582.26
Ключевые слова:
Вторичная структура ITS2, видовая идентификация, компенсаторные замены в ITS2, разграничение видов микроводорослей, CBC-концепция вида
Аннотация
Исследование вторичных структур ITS2 – ключевой инструмент молекулярной систематики, расширяющий возможности анализа первичных нуклеотидных последовательностей. У большинства эукариот ITS2 формирует консервативную модель из четырех хеликсов, I–IV. Точная модель структуры критична для филогенеза и разграничения видов. Анализ компенсаторных замен (CBC) в ITS2 является необходимым элементом алгоритма видовой идентификации. Исследования различных таксономических групп зеленых микроводорослей показали возможные проблемы и ограничения использования CBCs в анализе. Моделирование вторичной структуры ITS, поиск CBC, а также особенности эволюции отдельных таксонов микроводорослей являются важными аспектами для видовой идентификации.
Скачивания
Данные скачивания пока недоступны.
Литература
Caisová L., Marin B., Melkonian M. A close-up view on ITS2 evolution and speciation - a case study in the Ulvophyceae (Chlorophyta, Viridiplantae) // BMC Evol. Biol., 2011. – Vol. 11. – P. 262. https://doi.org./10.1186/1471-2148-11-262
Caisová L., Marin B., Melkonian M. Consensus Secondary Structure of ITS2 in the Chlorophyta Identified by Phylogenetic Reconstruction // Protist, 2013. – Vol. 164(4). – P. 482–496. https://doi.org./10.1016/j.protis.2013.04.005
Coleman A. W. The Significance of a Coincidence between Evolutionary Landmarks Found in Mating Affinity and a DNA Sequence // Protist, 2000. – Vol. 151(1). – P. 1–9. https://doi.org./10.1078/1434-4610-00002
Coleman A. W. Pan-eukaryote ITS2 homologies revealed by RNA secondary structure // Nucl. Acids Res., 2007. – Vol. 10. – P. 3322–3329.
Demura M., Noma S., Hayashi N. Species and Fatty Acid Diversity of Desmodesmus (Chlorophyta) in a Local Japanese Area and Identification of New Docosahexaenoic Acid-Producing Species // Biomass, 2021. – Vol. 1. – P. 105–118. https://doi.org./10.3390/biomass1020008
Egorova I. N.; Kulakova N. V., Bedoshvili Y. D. Diversity of the scenedesmacean genus Chodatodesmus (Chlorophyta) and new cryptic species in the algae flora of Lake Baikal revealed by an integrative approach // Org. Divers. Evol., 2025. https://doi.org./10.1007/s13127-025-00674-1
Müller T., Philippi N., Dandekar T., Schultz J., Wolf M. Distinguishing species // RNA, 2007. – Vol. 13(9). – P. 1469–1472. https://doi.org./10.1261/rna.617107.
Novakovskaya I. V., Egorova I. N., Kulakova N. V., Patova E. N., Shadrin D. M., Anissimova O. V. Morphological and phylogenetic relations of members of the genus Coelastrella (Scenedesmaceae, Chlorophyta) from the Ural and Khentii Mountains (Russia, Mongolia) // Phytotaxa, 2021. – Vol. 527 (1). – P. 1–21. https://doi.org./10.11646/phytotaxa.527.1.1
Schultz J., Wolf M. ITS2 sequence–structure analysis in phylogenetics: A how-to manual for molecular systematics // Mol. Phyl. Evol., 2009. – Vol. 52, 2. – P. 520–523. https://doi.org./10.1016/j.ympev.2009.01.008
Caisová L., Marin B., Melkonian M. Consensus Secondary Structure of ITS2 in the Chlorophyta Identified by Phylogenetic Reconstruction // Protist, 2013. – Vol. 164(4). – P. 482–496. https://doi.org./10.1016/j.protis.2013.04.005
Coleman A. W. The Significance of a Coincidence between Evolutionary Landmarks Found in Mating Affinity and a DNA Sequence // Protist, 2000. – Vol. 151(1). – P. 1–9. https://doi.org./10.1078/1434-4610-00002
Coleman A. W. Pan-eukaryote ITS2 homologies revealed by RNA secondary structure // Nucl. Acids Res., 2007. – Vol. 10. – P. 3322–3329.
Demura M., Noma S., Hayashi N. Species and Fatty Acid Diversity of Desmodesmus (Chlorophyta) in a Local Japanese Area and Identification of New Docosahexaenoic Acid-Producing Species // Biomass, 2021. – Vol. 1. – P. 105–118. https://doi.org./10.3390/biomass1020008
Egorova I. N.; Kulakova N. V., Bedoshvili Y. D. Diversity of the scenedesmacean genus Chodatodesmus (Chlorophyta) and new cryptic species in the algae flora of Lake Baikal revealed by an integrative approach // Org. Divers. Evol., 2025. https://doi.org./10.1007/s13127-025-00674-1
Müller T., Philippi N., Dandekar T., Schultz J., Wolf M. Distinguishing species // RNA, 2007. – Vol. 13(9). – P. 1469–1472. https://doi.org./10.1261/rna.617107.
Novakovskaya I. V., Egorova I. N., Kulakova N. V., Patova E. N., Shadrin D. M., Anissimova O. V. Morphological and phylogenetic relations of members of the genus Coelastrella (Scenedesmaceae, Chlorophyta) from the Ural and Khentii Mountains (Russia, Mongolia) // Phytotaxa, 2021. – Vol. 527 (1). – P. 1–21. https://doi.org./10.11646/phytotaxa.527.1.1
Schultz J., Wolf M. ITS2 sequence–structure analysis in phylogenetics: A how-to manual for molecular systematics // Mol. Phyl. Evol., 2009. – Vol. 52, 2. – P. 520–523. https://doi.org./10.1016/j.ympev.2009.01.008
Опубликован
2026-08-31
Как цитировать
Кулакова Н. В., Егорова И. Н. Применимость анализа компенсаторных замен во вторичной структуре ITS2 для идентификации видов зеленых микроводорослей // Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии, 2026. Т. 25, № 1. С. 78-80 DOI: 10.14258/pbssm.2026016. URL: https://journal.asu.ru/bpssm/article/view/pbssm.2026016.
Раздел
Статьи
