Разработка CAPS-маркёров для изучения полиморфизма пластидных локусов представителей подрода Idaeobathus Focke рода Rubus L.
УДК 582.734.4+575.113+575.174.015.3+634.71(571.150/.151)
Аннотация
Род Rubus L., включая подрод Idaeobathus Focke (малина), является в систематическом отношении довольно сложным. Особый интерес при изучении данного подрода представляет Западная Сибирь и особенно Алтайский регион, поскольку здесь происходит встреча двух видов: R. idaeus L. и R. sachalinensis Н. Lev. Традиционно в филогенетических исследованиях изучают локусы пластидной ДНК. В данной работе предпринята попытка разработать пластидные CAPS-маркёры, пригодные для изучения генетического разнообразия подрода малины. Всего было разработано 9 таких маркёров, выявивших полиморфизм среди селекционных сортов малины различного происхождения, однако на выборке ДНК-препаратов, полученных из гербарных сборов R. idaeus и R. sachalinensis на территории Алтайского края и Республики Алтай, почти все они оказались мономорфны, за исключением двух комбинаций «праймеры/рестриктаза», детектировавших внутривидовой полиморфизм у малины сахалинской (R. sachalinensis). Кроме того, было выявлено два потенциальных маркёра, способных дифференцировать виды R. idaeus и R. sachalinensis без применения рестриктаз. В дальнейшем работа по созданию маркёров для изучения полиморфизма пластидных локусов у представителей подрода Idaeobathus будет продолжена.
Скачивания
Metrics
Литература
Антонова О. Ю., Клименко Н. С., Рыбаков Д. А., Фомина Н. А., Желтова В. В., Новикова Л. Ю., Гавриленко Т. А. SSR-анализ современных российских сортов картофеля с использованием ДНК номенклатурных стандартов // Биотехнология и селекция растений, 2020. - Т. 3, № 4. - С. 77-96. DOI: 10.30901/2658-6266-2020-4-o2
Камнев А. М., Антонова О. Ю., Дунаева С. Е., Гавриленко Т. А., Чухина И. Г. Молекулярные маркеры в исследованиях генетического разнообразия представителей рода Rubus L. и перспективы их применения в селекции // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020. - Т. 24, №. 1. - С. 20-30. DOI: 10.18699/VJ20.591
Синькова Г. М. О сибирской малине - Rubus sibiricus (Kom.) Sinkova // Новости сист. высш. раст., 1973. -Т. 10. - С. 172-174.
Фомина Н. А., Антонова О. Ю., Чухина И. Г., Гавриленко Т. А. Гербарные коллекции в молекулярно-генетических исследованиях // Turczaninowia, 2019. - Т. 22, № 4 - С. 104-118. DOI: 10.14258/turczaninowia.22.4.12
Эбель А. А. Конспект флоры северо-западной части Алтае-Саянской провинции. - Кемерово: КРЭОО «Ирбис», 2012. - 568 с.
Alice L. A., Campbell C. S. Phylogeny of Rubus (Rosaceae) based on nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer region sequences // American Journal of Botany, 1999. - Vol. 86. - P. 81-97.
Dale A., Moore P. P., McNicol R. J., Sjulin T. M., Burmistrov L. A. Genetic diversity of red raspberry varieties throughout the-world // Journal of the American Society for Horticultural Science, 1993. - Vol. 118, iss. 1. - P. 119-129. DOI: 10.21273/JASHS.118.1.119
DunningL. T., Savolainen V. Broad-scale amplification of matKfor DNA barcoding plants, a technical note // Botanical Journal of Linnaeus Society, 2010. - Vol. 164. - P. 1-9.
Fazekas A. J., Burgess K. S., Kenasakurti P. R., Graham S. W., Newmaster S. G., Husband B. C., Percy D. M., Hajibabaei M., Barrett S. C. H. Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well // PLoS ONE, 2008. - Vol. 3, iss. 7. - P. 1-12. DOI: 10.1371/journal.pone.0002802
Focke W. O. Species Ruborum.Monographiae Generis Rubi Prodromus part I. - New York, NY: Stuttgart, E. Schweizerbart, 1910. - P. 1-120.
Focke W. O. Species Ruborum.Monographiae Generis Rubi Prodromus part II. - New York, NY: Stuttgart, E. Schweizerbart, 1911. - P. 121-223.
Focke W. O. Species Ruborum.Monographiae Generis Rubi Prodromus part III. - New York, NY: Stuttgart, E. Schweizerbart, 1914. - P. 224-498.
Hosaka K., Sanetomo R. Development of a rapid identification method for potato cytoplasm and its use for evaluating Japanese collections // Theoretical and Applied Genetics, 2012. - Vol. 125. - P. 1237-1251. DOI: 10.1007/s00122-012-1909-4
Inglis P. W., Pappas M. C. R., Resende L. V., Grattapagila D. Fast and inexpensive protocols for consistent extraction of high quality DNA and RNA from challenging plant and fungal samples for high throughput SNP genotyping and sequencing applications // PLoS ONE, 2018. - Vol.13, iss. 10. - P. 1-14. DOI: 10.17504/protocols.io.tzfep3n
Pang X., Song J., Zhu Y., Xu H., Huang L., Chen S. Applying plant DNA barcodes for Rosaceae species identification // Cladistics, 2011. - Vol. 27. - P. 165-170. DOI: 10.1111/j.1096-0031.2010.00328.x
Thompson M. M. Survey of chromosome numbers in Rubus (Rosaceae: Rosoideae) // Annual of Missouri Botanical Garden, 1997. - Vol. 84. - P. 128-164. DOI: 10.2307/2399958
Wang Y., Chen Q., Chen T., Tang H., Liu L., Wang X. Phylogenetic Insights into Chinese Rubus (Rosaceae) from Multiple Chloroplast and Nuclear DNAs // Frontiers of Plant Science, 2016. - Vol. 7, iss. 968. - P. 1-13. DOI: 10.3389/ fpls.2016.00968
Yang J. Y., Jang S. Y., Kim H.-K., Park S. J. Development of a molecular marker to discriminate Korean Rubus species medicinal plants based on the nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer and chloroplast trnL-F intergenic region sequences // Journal of Korean Society for Applied and Biological Chemistry, 2012. - Vol. 55. - P. 281-289. DOI: 10.1007/ s13765-012-1044-6
Yang J. Y., Pak J. H. Phylogeny of Korean Rubus (Rosaceae) based on ITS (nrDNA) and trnL/F intergenic region (cpDNA) // Journal of Plant Biology, 2006. - Vol. 49. - P. 44-54. DOI: 10.1007/BF.03030787.
Zhao H. X., Li Z. J., Hu S. W., Sun G. L., Chang J. J., Zhang Z. H. Identification of cytoplasm types in rapeseed (Brassica napus L.) accessions by multiplex PCR assay // Theor. Appl. Genet., 2010. - Vol. 121. - P. 643-650. DOI: 10.1007/ s00122-010-1336-3
