Журнал «Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии» был основан в 2002 году как сборник по результатам одноименной конференции, проведенной Южно-Сибирским ботаническим садом. Впоследствии такая конференция оказалась актуальной и востребованной и стала традиционной. Тогда сборник статей превратился в периодический печатный журнал, публикуемый один раз в год.

С 2019 года журнал перешел в новое качество и стал электронным. По традиции в нем публикуются статьи по материалам очередной конференции от очных и заочных ее участников.

За годы существования конференции были установлены основные разделы журнала:

  1. "Молекулярно-генетические методы исследования растений и хемосистематика". Современные прикладные исследования разных систематических групп растений на основе новейших молекулярно-генетических методик, прикладное значение в филогенетических исследованиях объектов растительного мира.  
  2. "Систематика отдельных таксонов. Морфология и биология отдельных видов". Классификация разных таксономических групп растений, морфология частей и биология развития видов, описания новых видов растений.  
  3. "Изучение растительного покрова России. Флора Алтая, Южной Сибири, Монголии и сопредельных территорий. Геоботаника и ресурсоведение". Современное состояние флоры высших и низших растений, растительность природных и урбанизированных территорий, история формирования флор регионов России и сопредельных стран. 
  4. "Экология растений и фитоиндикация". Секция объединяет доклады о распределении групп растений с учётом экологических характеристик; о влиянии абиотических факторов среды на рост и развитие растений, их фотосинтетический аппарат и ткани; результатах биоиндикационных работ.
  5. "Роль ботанических садов в изучении и сохранении биоразнообразия растений. Охрана растений". Природоохранная роль ботанических садов, коллекции интродуцированных видов дикорастущей природы и результаты их акклиматизации, значение и вклад ботсадов в дело изучения и организации охраны растительного мира. 

 За долгие годы существования журнала в нём появлялись и другие разделы, например, «Сохранение биоразнообразия степей и оптимизация природопользования в степной зоне» или «Фитолитный анализ. Реконструкция природной среды на основе микробиоморфных и палеоботанических исследований».