Географическая изоляция и риботипы на примере некоторых эндемиков рода Corydalis (Fumariaceae)
УДК 582.682.6+575.86
Аннотация
Основной темой данной научной работы является изучение особенностей риботипов видов в условиях длительной географической и репродуктивной изоляции. Были выбраны три группы эндемиков. Первая группа - гипсофильные виды: Oorydalis sangardanica Mikhailova, С. microphylla Mikhailova, С. gypsophyla Mikhailova. Вторая группа - наскальные подушковидные виды: С. mira (Batalin) C. Y. Wu et H. Chuang и С. yazgulemica Mikhailova et Sochivko. Третья группа - скальные, географически обособленные виды: С. macrocalyx Litv и С. rupestris Kotschy. Научной новизной в данной работе является применение генетических методов анализа в сфере изучения возможной гибридизации видов рода Corydalis (Fumariaceae). Секвенирование NGS было выполнено на платформе Illumina MiSeq. В качестве маркерного участка был взят первый транскрибируемый спейсер (ITS1) ядерного ри-босомного гена 35S рДНК. В результате для каждого образца был получен набор многокопийных риботипов Zotu (zero-radius operational taxonomic unit), на основе которого было выполнено качественное и количественное сравнение образцов. Показано, что во всех трех группах отсутствуют общие риботипы. Число риботипов у изученных видов варьируется от одного до шести, что может быть связано с особенностями гибридизации в прошлом.
Скачивания
Metrics
Литература
Edgar R. C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST // Bioinformatics, 2010. - Vol. 26(19). -P. 2460-2461.
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms // Mol. Biol. Evol., 2018. - Vol. 35. P. 1547-1549.
Ridgway K. P., Duck J. M., Young J. P. W. Identification of roots from grass swards using PCR-RFLP and FFLP of the plastid trnL (UAA) intron // BMC Ecol., 2003. - Vol. 3. - P. 8.
White T. J., Bruns T., Lee S., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications / M. A. Innis, Gelfand D. H., Sninsky J. J., White T. J. (eds.). - Academic Press, Inc.: New York, NY, USA, 1990. - P. 315-322.
