Удивительное генетическое разнообразие шиповников (Rosa) Узбекистана
УДК 582.734.4+575.857(575.1)
Аннотация
Исследована популяция Rosa kokanica на склонах горы Большой Чимган (Узбекистан, Ташкентская область). Методом статистической парсимонии реконструирована сеть гаплотипов хлоропластного межгенного спейсера ndhC-trnV для 34 образцов из трех субпопуляций из долин с северного, юго-западного и южного макросклонов горы. Выявлено 19 гаплотипов, из которых базальный и наиболее часто встречающийся внутренний га-плотип 1 обнаружен в северной и южной субпопуляциях, в то время как в юго-западной субпопуляции выявлено 13 уникальных для этой субпопуляции гаплотипов. Предполагается, что возникновение подобной генетической структуры связано с длительной изоляцией субпопуляций в ледниковое время.
Скачивания
Metrics
Литература
Введенский А. И., Пазий В. К. Rosa L. - Шиповник // Флора Узбекистана. - Ташкент: Изд-во АН Узб. ССР, 1955. - Т. 3. - С. 343-355.
Фисюн В. В. Шиповник, Роза - Rosa L. // Флора Казахстана. - Алма-Ата: Изд-во АН Каз. ССР, 1961. - Т. 4. -С. 485-502.
Borchsenius F. FastGap 1.2. Department of Biosciences. - Denmark: Aarhus University, 2009. URL: http://www.aubot. dk/FastGap_home.htm
ClementM., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molec. Ecol., 2000. -Vol. 9. - P. 1657-1659. DOI: 10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
Criscuolo A., Gribaldo S. BMGE (block mapping and gathering with entropy): a new software for selection of phylogenetic informative regions from multiple sequence alignments // B.M.C. Evol. Biol., 2010. - Vol. 10. - P. 210. DOI: 10.1186/1471-2148-10-210
Cui G., Robertson K. R. Rosa L. // Flora of China. - Beijing: Science Press, St. Louis: Missouri Botanical Garden Press, 2003. - Vol. 9. - P. 339-381.
Fer T., Vasak P., Vojta J., MarholdK. Out of the Alps or Carpathians? Origin of Central European populations of Rosa pendulina // Preslia, 2007. - Vol. 79. - P. 367-376.
Fougere-Danezan M., Joly S., Bruneau A., Gao X. F., Zhang L. B. Phylogeny and biogeography of wild roses with specific attention to polyploids // Ann. Bot. (Oxford), 2015. - Vol. 115. - P. 275-291. DOI: 10.1093/aob/mcu245
Gao Y.-D., Zhang Y., Gao X.-F., Zhu Z.-M. Pleistocene glaciations, demographic expansion and subsequent isolation promoted morphological heterogeneity: A phylogeographic study of the alpine Rosa sericea complex (Rosaceae) // Sci. Rep., 2015. - Vol. 5. - 11698. DOI: 10.1038/srep11698
Hall T.A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucleic Acids Symposium Series, 1999. - Vol. 41. - P. 95-98.
Katoh K., Misawa K., Kuma K., Miyata T. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform // Nucl. Acids Res., 2002. - Vol. 30. - P. 3059-3066. DOI: 10.1093/nar/gkf436
Katoh K., Standley D. M. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability // Molec. Biol. Evol., 2013. - Vol. 30. - P. 772-780. DOI: 10.1093/molbev/mst010
Nucleotide. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ (Accessed 15.05.2023).
Shaw J., Lickey E. B., Schilling E. E., Small R. L. Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: The tortoise and the hare III. // Am. J. Bot., 2007. - Vol. 94(3). - P. 275-288. DOI:10.3732/ajb.94.3.275
Simmons M. P., Ochoterena H. Gaps as characters in sequence-based phylogenetic analyses // Syst. Biol., 2000. -Vol. 49(2). - P. 369-381. DOI: 10.1093/sysbio/49.2.369
Templeton A. R., Crandall K. A., Sing C. F. A cladistic analysis of phenotypic associations with haplotypes inferred from restriction endonuclease mapping and DNA sequence data. III. Cladogram estimation // Genetics, 1992. - Vol. 132. -P. 619-633.
Zhang C., Li S.-Q., Xie H.-H., Liu J.-Q., Gao X.-F. Comparative plastid genome analyses of Rosa: Insights into the phylogeny and gene divergence // Tree Genet. Genomes, 2022. - Vol. 18. - P. 20. DOI: 10.1007/s11295-022-01549-8
