Исследование филогенетических связей диких и культурных видов овса (Avena L.)
УДК 582.542.1:585.86+575.17
Аннотация
Проведено секвенирование следующего поколения (NGS) на платформе Illumina последовательности ITS1 и начала гена 5.8S рРНК образцов диких и культивируемых видов рода Avena L. Впервые методом NGS проведен филогенетический анализ путей одомашнивания трех культурных видов овса: тетраплоидно-го A. abyssinica (AB) и гексаплоидных A. sativa и A. byzantina (ACD). Нами выявлено, что наиболее массовый по количеству ридов (прочтений) геном A. abyssinica - это A-геном, а у A. sativa - D-геном. Изучены также предполагаемые пути получения геномов полиплоидов от диплоидных видов. По данным NGS-секвенирова-ния было выявлено, что наиболее массовый риботип A. sativa унаследован от A. ludoviciana, A. byzantina обладает двумя уникальными семействами риботипов, а A. abyssinica, вероятно, происходит от дикорастущего A. vaviloviana, при этом A-геном получен этим видом от диплоидного A. atlantica (As-геном). Предполагаемый предок A. abyssinica, тетраплоид A. agadiriana, формирует уникальные семейства риботипов, к которым принадлежит самый массовый риботип. Скорее всего, он не был прямым предком A. abyssinica. C-геномный вид A. clauda оказался родственным D-геному A. sativa, он также мог принимать участие в формировании гекса-плоида A. ludoviciana.
Скачивания
Metrics
Литература
Лоскутов И. Г. Овес (Avena L.). Распространение, систематика, эволюция и селекционная ценность. - СПб.: ГНЦ РФ ВИР, 2007. - 336 с.
ClementM., Posada D., Crandall K. A. TCS: a computer program to estimate gene genealogies // Molecular Ecology, 2000. - Vol. 9, № 10. - P. 1657-1660. DOI: 10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
Ladizinsky G., Zohary D. Notes on species delimination species relationships and poliploidy in Avena L. // Euphytica, 1971. - Vol. 20, № 3. - P. 380-395.
Loskutov I. G., Rines H. W. Avena L. // Wild crop relatives: genomic and breeding resources / Kole C. (ed). -Heidelberg: Springer, 2011.- P. 109-184.
Murias dos Santos A., Cabezas M. P., Tavares A. I., Xavier R., Branco M. tcsBU: A tool to extend TCS network layout and visualization // Bioinformatics, 2016. - Vol. 32, № 4. - P. 627-628. DOI: 10.1093/bioinformatics/btv636
