Молекулярные маркеры ITS и matK в исследовании филогении рода Anemone s. l. (Ranunculaceae)
УДК 582.675.1:575
Аннотация
Впервые проведен филогенетический анализ сибирских представителей рода Anemone s. l. на основе сравнительного изучения нуклеотидного полиморфизма последовательностей участка ITS (Internal Transcribed Spacer) ядерного генома и гена matK (Maturase K) хлоропластного генома. Для анализа были использованы 54 последовательности ДНК (по 27 для каждого маркера) и 8 последовательностей ДНК из GenBank. Построено 2 филогенетических дерева, каждое из которых является объединенным для методов максимального правдоподобия (ML) и байесовского вывода (Bayesian inference, BI). Топологии, полученные из двух отдельных наборов данных, в большей части согласуются друг с другом. Однако имеются отличия в местоположении отдельных видов (A. sylvestris, A. osinovskiensis). На двух построенных деревьях последовательности четко распадаются на две хорошо поддерживаемые клады: первую образуют ветреницы с основным числом хромосом х = 8, вторую - с х = 7. Полученные нами результаты согласуются с данными других авторов, разработавших систематику рода Anemone как на основе морфологических признаков, так и с использованием молекулярных маркеров. Особи одного и того же вида, произрастающие в географически удаленных частях ареала, либо не отличаются друг от друга по изучаемым последовательностям ДНК, либо имеют 1-3 точечные мутации.
Скачивания
Metrics
Литература
Куцев М. Г., Уварова О. В., Синицина Т. А. Набор синтетических олигонуклеотидов для амплификации и секвенирования ITS1-5.8S-ITS2 сосудистых растений / Патент на изобретение RU 2528063 C1, 10.09.2014. Заявка № 2013106976/10 от 18.02.2013
Луферов А. Н. Таксономический конспект лютиковых (Ranunculaceae) Дальнего Востока России // Turczaninowia, 2004. - Т. 7, № 1. - С. 5-84.
Стародубцев В. Н. Ветреницы: систематика и эволюция. - Л.: Наука, 1990. - 200 с.
Степанов Н. В. Флора северо-востока Западного Саяна и острова Отдыха на Енисее (г. Красноярск). - Красноярск: Изд-во Краснояр. гос. ун-та, 2006. - 122 с.
Ehrendorfer F., Samuel R. Contributions to a molecular phylogeny and systematics of Anemone and related genera (Ranunculaceae-Anemoninae) // Acta Phytotax. Sin., 2001. - Vol. 39. - P. 293-307.
Ehrendorfer F., Ziman S. N., Konig C., Keener C. S., Dutton B. E., et al. Taxonomic revision, phylogenetics and transcontinental distribution of Anemone section Anemone (Ranunculaceae) // Bot. J. Linn. Soc., 2009. - Vol. 160. -P. 312-354. DOI: 10.1111/j.1095-8339.2009.00861
Gouy M., Guindon S., Gascuel O. SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building // Molecular Biology and Evolution, 2010. - Vol. 27, No 2. - P. 221-224. URL: http://doua. prabi.fr/software/seaview
Hollingsworth M. L., Clark A. A., Forrest L. L., et al. Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plants // Molecular Ecology Resources, 2009. - Vol. 9. -P. 439-457.
Hoot S. B., Meyer K. M., Manning J. C. Phylogeny and reclassification of Anemone (Ranunculaceae), with an emphasis on austral species // Systematic Botany, 2012. - Vol. 37. - P. 139-152. DOI: 10.1600/036364412X616729
Hoot S. B., Reznicek A. A, Palmer J. D. Phylogenetic relationships in Anemone (Ranuculaceae) based on morphology and chloroplast DNA // Systematic Botany, 1994. - Vol. 19, No 1. - P. 169-200. DOI: 10.2307/2419720
JiangN., Zhou Z., Yang J-B., Zhang S-D., Guan K-Y., Tan Y-H., et al. Phylogenetic reassessment of tribe Anemoneae (Ranunculaceae): Non-monophyly of Anemone s. l. revealed by plastid datasets // PLoS ONE, 2017. - Vol. 12, No 3. DOI: 10.1371/journal.pone.0174792
Meyer K. M., Hoot S. B., Arroyo M. T. K. Phylogenetic affinities of south American Anemone (Ranunculaceae), including the endemic segregate genera, Barneoudia and Oreithale // Int. J. Plant Sci., 2010. - Vol. 171. - P. 323-331. DOI: 10.1086/650153
Minh B. Q., Schmidt H. A., Chernomor O., Schrempf D., WoodhamsM. D., Haeseler A. von, Lanfear R. IQ-TREE 2: New models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era // Mol. Biol. Evol., 2020. - Vol. 37. -P. 1530-1534. URL: http://www.iqtree.org
Mlinarec J., Satovic Z., Mihelj D., Malenica N., Besendorfer V. Cytogenetic and phylogenetic studies of diploid and polyploid members of tribe Anemoninae (Ranunculaceae) // Plant Biol., 2012. - Vol. 14. - P. 525-536. DOI: 10.1111/ j.1438-8677.2011.00519
Ronquist F., Huelsenbeck J. P. MRBAYES 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models // Bioinformatics, 2003. - Vol. 19. - P. 1572-1574. URL: http://nbisweden.github.io/MrBayes/manual.html
Schuettpelz E., Hoot S. B., Samuel R., Ehrendorfer F. Multiple origins of southern hemisphere Anemone (Ranunculaceae) based on plastid and nuclear sequence data // Plant Syst. Evol., 2002. - Vol. 231. - P. 143-151. DOI: 10.1007/s006060200016
Stover B. C., Muller K. F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses // BMC Bioinformatics, 2010. - Vol. 11, No 7. URL: http://treegraph.bioinfweb.info
Tamura M. Anemone L. // Hiepko P. (ed.), Die Naturlichen Pflanzenfamilien, 1995. - Vol. 17a. - P. 324-349.
Zhang Y., Hong Y., Ren C., TangM., Hoot S. B., Yang Q. Palynology, cytology, and molecular systematics of Anemone section Begoniifolia (Ranunculaceae) // Plant Syst. Evol., 2015. - Vol. 301. - P. 411-424. DOI: 10.1007/s00606-014-1082-0
Ziman S. N., Bulakh E. V., Kadota Y., Keener C. S. Modern view on the taxonomy of the genus Anemone L. sensu stricto (Ranunculaceae) // J. Jpn. Bot., 2008. - Vol. 83. - P. 127-155.
